2019年10月1日,5-羟(qiǎng)甲基化胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在(zài)糖尿(niào)病(bìng)研究领域取(qǔ)得重要进展。2型糖尿(niào)病(T2D)的(de)血(xuè)管并发(fā)症是导致2型(xíng)糖尿(niào)病致残致(zhì)死的重要病因,一(yī)直缺乏一种无创便捷(jié)的临床途径实现血管(guǎn)并发症的发生(shēng)发(fā)展(zhǎn)监测,达到早发现(xiàn)、早干预,以提高T2D病人(rén)的整体生活质量,减少卫生经济负担。
该研究入组了62例2型糖尿病病人,采用5hmC-Seal技术对血浆cfDNA中表观遗传标(biāo)志物5hmC的分布情况(kuàng)进行检测(cè),分(fèn)析(xī)5hmC标志物与2型糖尿病血管(guǎn)并发症发(fā)生(shēng)发展的相关性。结(jié)果表明5hmC标(biāo)志(zhì)物(wù)的(de)变化与T2D合并大血(xuè)管(guǎn)/微血管事(shì)件具有相关性,主要涉及一些与血管(guǎn)生(shēng)物学和糖尿病(包括胰岛(dǎo)素耐(nài)受和炎症反应)相关的基因和(hé)信号通(tōng)路。该(gāi)研究建立的16个基因-5hmC标(biāo)志(zhì)物组(zǔ)合检测可(kě)以准确区分有并(bìng)发症和无并发症(zhèng)的2型糖尿病病人(rén)[实验组:AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显优于传统临床变量例(lì)如白蛋(dàn)白尿。除此(cǐ)之外,还建立了13个基因-5hmC标志物组合检测,可(kě)以(yǐ)进一(yī)步区分T2D合并单一并发(fā)症和多种并发症[实验组(zǔ):AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样明显优于其(qí)他传统临床变量。该研(yán)究得出结论(lùn),5hmC标志物反映(yìng)了(le)T2D病(bìng)人大血管(guǎn)/微血管并发症发生过程中的表观遗传变化,因而(ér)5hmC-Seal检测技术在监测糖尿(niào)病血管并发症发生和进展方面具有(yǒu)良好(hǎo)的临床(chuáng)应用前景。
试(shì)验设计
本(běn)研究共纳入62例(lì)2型糖尿病病人,包括没有血管并发症的病人12例,有单(dān)一血(xuè)管(guǎn)并(bìng)发(fā)症(zhèng)的病人34例(24例(lì)发生大血管(guǎn)事件,10例发生微血管事(shì)件),以及有多种血管并发症的病人16例。试验收集62例病人(rén)血浆,提取cfDNA,利用5hmC-Seal技术捕获外周血(xuè)cfDNA中的5hmC序列(liè),进行二代(dài)测序,通过(guò)生物信(xìn)息学分析找(zhǎo)出并发症(zhèng)组与无并发症组之间有显著5hmC修饰差异的基因,单(dān)一并(bìng)发症组和多种并发(fā)症组之间有显著(zhe)5hmC修饰差异(yì)的基因。随后利用(yòng)回归模型对差异基因进(jìn)一步筛(shāi)选(xuǎn)、优化,弹性(xìng)网络进(jìn)一步筛选(xuǎn),计算加权(quán)平(píng)均分,最(zuì)后(hòu)得到一组具(jù)有高度灵敏度和特异(yì)性(xìng)的5hmC生物标记物,并进一步在(zài)实(shí)验组(zǔ)中验证,分析其(qí)灵敏度和(hé)特异性。并将新建立的5hmC标志物基因(yīn)组(zǔ)合的检测性(xìng)能与传统临床变量进(jìn)行对(duì)比分析。最后(hòu)对(duì)相关基因进行了(le)信号通路分析和功能探究。
5hmC修(xiū)饰水平与血管并发症具有相关性
利用(yòng)逻辑回归模型对62例有(yǒu)并发症(zhèng)和无并发症2型糖尿病病人的5hmC差异水平进(jìn)行分析发现,有并发(fā)症2型(xíng)糖尿病病人的622个差(chà)异修饰候(hòu)选基因(yīn)(包括上调和下调基因)的归一(yī)化(huà)平均数要(yào)明显高(gāo)于无(wú)并发症的病人(P<0.001),但是单一并发症和多发并发症(zhèng)病人之间没有显著差异。
之后将有单一并发症或多种(zhǒng)并发症(zhèng)的50例(lì)病人用逻辑回归(guī)模(mó)型进行了对比(bǐ),发现(xiàn)多种并发症的(de)病人的(de)153个(gè)差异修饰候选基因(包括上调和下调基因)的归一化平均数要(yào)低于无并发症病人(P<0.001)。
5hmC标志物可区分(fèn)有无并发症患者
62例2型糖(táng)尿(niào)病(bìng)病人(rén)被(bèi)随机(jī)分成训(xùn)练组(zǔ)(n=31)和(hé)测试组(n=31)。利用弹性网(wǎng)络筛(shāi)选后发(fā)现,16基因-5hmC标志物组合检测可(kě)以(yǐ)用于区分(fèn)有并发症和无并发症(zhèng)的2型(xíng)糖尿病病人。
基于16基因组合模型 (Detection Model 1) 的加权平均(jun1)分(fèn)分析,发现无并(bìng)发症病人的分数在训练集和测试集中都明显低于(yú)有并发症的(de)病人。只考虑加权(quán)平(píng)均分(fèn)的话,受试者(zhě)工作特征曲线(ROC)分析表明将(jiāng)cutoff值设置成0.5时,在测(cè)试组中中的(de)灵敏(mǐn)度为60%,特异性为(wéi)100%。 5hmC标(biāo)志物(wù)可区分病人是单(dān)一(yī)并发症还(hái)是(shì)多种并(bìng)发症(zhèng) 50例有并(bìng)发症的2型糖尿病病人(rén)被随机分成(chéng)训练组(n=25)和(hé)测试组(n=25)。利用弹性网络筛选后(hòu)发现(xiàn),13基(jī)因-5hmC标志物组合可(kě)以区分2型(xíng)糖尿病病人是否(fǒu)发生单(dān)一并(bìng)发症或(huò)多种并发症。 基于13基(jī)因组合模(mó)型 (Detection Model 2), 我(wǒ)们计算(suàn)了单一并发(fā)症(zhèng)和多种并发症的(de)加权平均分,发现在训练集和测试集中单一并发症和(hé)多种并发症病人的(de)分数都有明显差(chà)异。值得一提的是,有(yǒu)肾病(bìng)并发症和无肾(shèn)病并发(fā)症(zhèng)病(bìng)人(rén)的分(fèn)数也(yě)有明(míng)显差异。利用加权平(píng)均分作为判断(duàn)标准的受试者工作特征曲线(ROC)表明,在测(cè)试(shì)组中当将cutoff值设成0.69时,灵敏(mǐn)度(dù)为87.5%,特异性为68.8%。 5hmC标志物(wù)与传统临床变量/危险因子的对(duì)比(bǐ) 我们评估(gū)了不同临床变量/危险因(yīn)子(zǐ)用于监测血管(guǎn)并发症的灵敏度(dù)和特异性(见表(biǎo)1)。
总体来说,结(jié)果表明(míng)一些临床变量(如尿液白蛋白(bái)、血清ALT、AST、肌酐、GGT、脂蛋白a)虽然具有(yǒu)一(yī)定的灵敏度和特(tè)异性(xìng),但是(shì)整体(tǐ)准(zhǔn)确度仍然(rán)差强人意,因此临床需要更加准确的方法。另外,我(wǒ)们还在训练组中建立5hmC和不同临床变量的多变量组合模型(xíng)进行评估,该模型加权平均分的AUC要明显大于传统(tǒng)临床变量的AUC。若将这些临床变量(liàng)与加权平均分进行结合,AUC也将进一步提高。因此(cǐ),该多变(biàn)量模(mó)型表(biǎo)明加权平均分可作为一个独(dú)立的指标用于监(jiān)测2型糖尿病血管并发症。
信(xìn)号通路分析和功能探(tàn)究 有并发症和(hé)无并发症病人的135个(gè)差异候选(xuǎn)基因的(de)功能注释分(fèn)析表明(míng),这(zhè)些基因(yīn)主要富集在一些(xiē)经典的信号(hào)通路。错误发现率相关P值位于前10%和基因数目≥3的信号通路包括由IGF1R, IL-10和(hé)FGFR2所介导(dǎo)的信号通路。由(yóu)IGF1R和IL-10介导的(de)信号通路与胰岛(dǎo)素抵(dǐ)抗(kàng)及炎症(zhèng)反(fǎn)应相关,在血管生物学和糖尿病发生发展过程中发挥重(chóng)要作用(yòng)。 Reactome相互作(zuò)用网络的中心表明(míng),泛素编码基因[泛素B (UBB),泛素C (UBC),泛素A-52亚基核糖(táng)体蛋白融合产物1(UBA52)]是候选基因(如(rú)SMAD3, FOXD2, DRAP1, MCIDAS, MLN, PIANP和TBCC)的重要连接者。在这135个(gè)差异候(hòu)选(xuǎn)基因中, 一些(xiē)基因 (如TNFRSF25,P=0.027, HR=6.25; MLN, P=0.0021, HR=20.40; CCL3L1, P=0.018, HR=0.44)表现出与糖尿病(bìng)病程(chéng)相关的倾向,表明5hmC和(hé)糖尿病血管并发(fā)症之间可能存在(zài)时间(jiān)依赖性的相互作用。基(jī)于(yú)纵向时间队列(liè)的大样本研究,将可进一步明确5hmC变化(huà)和糖尿病(bìng)持续时间之(zhī)间的动态关联。关(guān)于单一并发症和多(duō)种(zhǒng)并发(fā)症病人的159个候选标志(zhì)基因(yīn)的功能(néng)注释(shì)研究(jiū)发现,存在细胞-细胞连接、胶原(yuán)蛋白形成、新陈代谢、细胞(bāo)应激应答信号通(tōng)路的富集,这些信号通路(lù)均(jun1)与细胞基本功能密(mì)切相关。 研究意(yì)义(yì) 血管并发症是三分(fèn)之二糖尿病病人的死亡原因,若能及早(zǎo)有效控(kòng)制(zhì)血管并(bìng)发症的(de)发生,将极大地(dì)改善糖尿病(bìng)病人(rén)的生(shēng)存质量。该(gāi)研究建(jiàn)立了一(yī)种利用cfDNA进行2型(xíng)糖尿病血管并发症监测的无创便(biàn)捷方法,较目前临(lín)床标志物能更准确地监(jiān)控血管(guǎn)并发症的发(fā)生,从而提示(shì)临床及早采取应对措施,有效(xiào)控制病情进展。
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